陳水扁貪污弊案終於起訴了，不過這一次特偵組所起訴的案件也祇是整個弊案的一部份，其中祇包括了四個項目：「國務機要費案、洗錢案、南港展覽館案與龍潭購地案」，祇是起訴，並沒有具體求刑，偵辦洗錢案的檢察官林嘉蕙表示，茗按照陳水扁所涉及較重的罪刑來看，法官最高可以判他無期徒刑，特偵組發言人陳雲南說，二○○八年三月法務部有公文指出，具體求刑應留給公訴的檢察官，在偵查階段不具體求刑，因為另外還有些案尚在偵辦中，現在若具體求刑，未來可能還會再求刑，以前求刑就不能概括後面的求刑，特偵組下一波調查的弊案包括三個項目：「二次金改案、機密外交費案以及卸任後私帶機密文件」等案，要等上開三案偵查終結，然後合併申請求刑，在此期間，對於陳水扁應該繼續羈押，但是當起訴書送達台北法院後，法院竟然裁定將陳水扁無保釋放，很明顯的法院與檢方的看法不一，嚴重一點來說，法院與檢方發生此種矛盾現象，是否台北法院內也有綠營人馬。

陳水扁貪污弊案其中四案於十二月十二日偵結，檢方向台北法院正式起訴，台北法院竟以超常的速度，於當天的半夜，也就是十三日的凌晨一時就裁定陳水扁當庭釋放，在裁定書中寫道：「依檢察官所述羈押理由，看不出被告有逃亡之虞，檢方也未釋明被告有逃亡的可能性，法院依陳水扁以往於偵查中均遵守日期到場等情，且被告身為卸任領導人身份，認為並無逃亡之虞，並無羈押必要」。

但是特偵組卻認為台北法院之裁定，嚴重影響弊案之澈查，全體檢察官咸表遺憾，檢方指出，陳水扁被釋放後社會氛圍立即改變，特偵組想要查證的證人，也會馬上產生寒蟬效應，有人會害怕陳水扁反撲，有些證人會因此而拒絕出庭作證，目前排定的相關偵查計劃，恐將因陳水扁的獲釋被打亂。

立法委員邱毅表示，陳水扁被釋放如同放虎歸山，將會影響後續外交機密案以及二次金改等案的偵辦，這些企業家恐怕因為有顧忌，不會再出面作證，邱毅認為這在院檢雙方已出現嚴重的矛盾。

這次台北法院將陳水扁無保釋放，顯然在台北法院內的綠營人馬已經發生作用，以後院檢雙方在不同的方向處理弊案，恐將會有許多意外的事件發生。